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정보과학회 논문지 B : 소프트웨어 및 응용

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한글제목(Korean Title) 부분서열정렬 개선 기법을 사용한 효율적인 복수서열정렬에 관한 알고리즘
영문제목(English Title) An Efficient Method for Multiple Sequence Alignment using Subalignment Refinement
저자(Author) 김진   정우철   엄상용  
원문수록처(Citation) VOL 30 NO. 09 PP. 0803 ~ 0811 (2003. 10)
한글내용
(Korean Abstract)
단백질들의 복수서열정렬은 단백질 서열간의 관계를 유추할 수 있는 유용한 도구이다. 최적화된 복수서열정렬을 얻기 위해 사용되는 가장 유용한 방법은 dynamic programming이다. 그러나 dynamic programming은 특정한 비용함수를 사용할 수 없기 때문에 특별한 경우 최소의 비용을 가지는 복수서열정렬을 제공하지 못하는 문제점이 있다. 우리는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 부분서열정렬 개선기법을 사용한 알고리즘을 제안하였으며, 이 알고리즘이 dynamic programming의 문제점을 효과적으로 해결함을 보였다. 
영문내용
(English Abstract)
Multiple sequence alignment is a useful tool to identify the relationships among protein sequences. Dynamic programming is the most widely used algorithm to obtain multiple sequence alignment with optimal cost. However, dynamic programming cannot be applied to certain cost function due to its drawback and cannot be used to produce optimal multiple sequence alignment. We propose sub-alignment refinement algorithm to overcome the problem of dynamic programming. Also we show proposed algorithm can solve the problem of dynamic programming efficiently.
키워드(Keyword) 복수서열정렬   최적화 알고리즘   서열정렬   동적프로그래밍  
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